还在施工，该如何是好？

首先应立即向相关部门或监理机构报告情况。因为忽视停工命令继续施工，可能面临严重的法律责任。依据《建筑法》等相关法律，若工地施工存在安全隐患，总监理工程师认为有必要停工以消除隐患，但承包单位拒不停工，可能面临责令整改、罚款甚至停工等行政处罚，且若发生安全事故，还需承担相应法律责任。严重后果不堪设想。
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应停工却未停时，可如此处理：1.立即停止施工，避免进一步违规。同时与项目监理或相关部门取得联系，了解停工原因，并按要求办理复工手续。2.若沟通后认为停工命令不合理，可向建设行政主管部门提出异议，申请复查或复议。3.在整个过程中，务必保留好所有沟通记录、文件往来等证据，以备后续可能出现的法律纠纷。若面临行政处罚或法律责任追究，这些证据将是维权的关键。
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法律角度常见的处理方式是先与项目监理沟通确认停工原因，确实需要继续施工的，应办理相关许可。若沟通无果，可进一步向建设行政主管部门投诉举报，请求其责令停工。同时，注意保留好相关证据，如书面停工通知、施工现场照片等，以备不时之需。选择处理方式时，应优先考虑合法合规途径，确保自身权益不受损害。